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爱基带着ChIP-seq迎来了CUT&Tag兄弟

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爱基带着ChIP-seq迎来了CUT&Tag兄弟

发布日期:2019-08-07 作者:爱基百客 点击:

说起蛋白和DNA的互作研究利器,首先就会想到ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序),说到ChIP-seq自然会来到爱基百客;在爱基ChIP-seq是最靓的仔,这是毋庸置疑的;爱基携手ChIP-seq走过五年,这些日子里一起攻克了各种难题(脂肪样本、高淀粉、真菌菌丝,原核微生物),植物样本的ChIP实验服务一直是国内的翘楚。

ChIP-seq样本要求量偏高,步骤繁多,每一步都要用心处理,这让很多人都望而却步。咳咳~~我们今天的主角CUT&Tag相比较而言真的是要灵巧省心不少。

2019年4月,弗雷德哈钦森癌症研究中心的Steven Henikoff团队在 Nature Communication 公开了CUT&Tag 技术的详细操作及相关稳定性的结果。

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让我们先来看看CUT&Tag的原理及实验步骤:

CUT&Tag是蛋白-DNA互作的一大革新技术,它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein A的介导,使得与Protein A融合的Tn5酶(Tagmentase)在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库(如图1)。

使用CUT&Tag,可以大大降低细胞投入量以及操作时间。(Tn5酶是不是很熟悉,不得不说他这个机灵鬼真的是大作用,ATAC都是靠他才能大显才能,它来到爱基和我们在一起攀登向上。)

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图1 CUT&Tag实验原理步骤

既然CUT&TagChIP-seq有相同的作用,那肯定要拿来比较一下。

作者将ChIP-seqCUT&Tag等几种种方法来对组蛋白H3K27me3进行研究比较。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,由结果可以看出对应的染色体景观相似,CUT&Tag脱颖而出有最低的背景噪声和最强的信号。

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图2 ChIP-seq和CUT&Tag方法比较

CUT&Tag的核心在于Protein A-Tn5切割反应是在细胞内进行的,而切割的核酸也均在细胞内,所以能实现少量细胞的扩增。

CUT&Tag能够对极少量细胞(60个细胞)甚至单细胞进行操作。单细胞操作需要在常规操作的基础上将细胞进行分装,再进行后续操作。在PCR反应之前,通过分配单个细胞到5184纳米孔,再加入带随机标签的引物进行扩增,从而实现单细胞测序。

数据结果(H3K27me3、H3K4me2)来看也是非常不错的表现。

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图3 单细胞CUT&Tag

目前小可爱CUT&Tag在细胞样本中发光发热,对于特殊组织及微生物样本还有待继续升级优化,欢迎选择爱基一起探索发现。


本文网址:/news/470.html

关键词:ChIP-seq,CUT&Tag,ChIP

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