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转录组数据与杜鹃属植物的遗传关系

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转录组数据与杜鹃属植物的遗传关系


  • 转录组数据与杜鹃属植物的遗传关系

杜鹃花以其艳丽的花朵而闻名于世,鹿角杜鹃是一种适应性强、海拔范围分布广的杜鹃花,具有美丽的香花和药用功效。然而,杜鹃花的遗传研究一直受限于有限的基因组资源和遗传标记。在这项研究中,杜鹃花转录组衍生出的80660个单基因组成一个庞大的数据库。在这些单基因中,34867个单基因(43.22%)被注释为公共蛋白质数据库。此外,从16019个单基因序列中鉴定出14415个EST-SSR,平均每2.87 kb有一个SSR。其中双核苷酸SSR很丰富(80.03%),其次是三核苷酸(18.82%)、四核苷酸(0.91%)、五核苷酸(0.13%)和六核苷酸(0.11%)。进一步研究,筛选出200对具有6个以上串联重复序列的引物,其中58对引物扩增成功,显示出6个杜鹃品种的多态性。在这58对引物中,37对引物在来37种杜鹃花和中国本土的两大群体中的30个鹿角杜鹃个体中具有多态性。共鉴定出382个等位基因,平均每个位点10.3个等位基因。系统发育树、遗传结构分析和主成分分析表明,主要类群与已知的系统发育树和地理分布相对应。这些转录组数据将有助于杜鹃的基因发掘和功能基因组研究,并且新开发的EST-SSR标记可应用于多种杜鹃属植物中,并用于评价杜鹃属植物的遗传关系。


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关键词:表观组学技术服务,基因表达调控,基因表达定量

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